تشرف امام خمينى(ره) به حرم مطهر حضرت على(ع) با آن آداب خاص ‏زيارت شايان توجه است. با كمال متانت و ادب اذن دخول مى‏خواند. بعد از طرف پايين پاى مبارك، وارد حرم مى‏شد و مقيد بود چنان كه در روايات وارد شده، از بالاى سر مطهر عبور نكند.
هنگامى كه مقابل ضريح مطهر مي رسيد، زيارت امين‏الله يا زيارت ‏ديگرى را با نهايت اخلاص مى‏خواند. بعد دوباره به سوى پايين پا برگشته، در گوشه‏اى از حرم نماز مستحبى و زيارت و دعا به حالت‏نشسته مى‏خواند. سپس دو ركعت نماز مى‏خواند و با رعايت آداب واخلاص حرم را ترك مى‏كرد.

ارادت به سالار شهيدان
امام زيارت عاشورا را در ماه محرم و اربعين حضرت امام حسين(ع) مى‏خواند. در اغلب ايام زيارتى، در كنار مرقد حضرت امام‏حسين(ع) بود. در دهه عاشورا هر روز زيارت عاشوراى معروف را با صد مرتبه سلام و صد مرتبه لعن مى‏خواند. در پاريس هم اين برنامه را ادامه مى‏داد.
امام در چند سالى كه در نجف بود، براى درك تمام زيارت هاى‏مخصوص امام حسين(ع) فاصله بين اين شهر و كربلا را، كه حدود 80 كيلومتر است، مى‏پيمود و اهتمام داشت در ايام عاشورا، اربعين، عرفه، نيمه شعبان و ماه رجب اين مسير را پشت‏سر بگذارد.
چون در پايين مرقد امام حسين(ع) حضرت على‏اكبر(ع) آرميده است، پايين پا نمى‏رفت. در نجف هم، چون روايت شده سر مقدس امام سوم ‏بالاى سر مطهر پدرش على(ع) است، امام خمينى (ره) بالاى سر نمى‏رفت و دور نمى‏زد.