اين مسجد در بين راه نجف و كوفه، سمت شمال آن، واقع است. به هنگام حمل سرهاي مبارك شهيدان كربلا به كوفه، سر مقدس ابا عبدالله را بر زمين اين مسجد گذاشتند. گفته اند در اين هنگام صدايي شبيه به ناله بچه شتري(حنانه) كه مادرش را گم كرده باشد بلند شد. برخي نيز گويند قبل از آن كه امام علي(عليه السلام) را دفن كنند چند لحظه جنازه شريف را در اين محل برزمين گذاشتند و از زمين ناله و شيوني برخاست. از اين رو بعدها در آن مكان مسجدي ساختند كه آن را حنانه ناميدند. والله اعلم بالصواب. برخي نيز گفته اند اين نام برگرفته از « حنا »، دير قديمي مسيحيان، بوده است.
مسجد حنانه ضريح كوچكي دارد و در نزديكي مسجد فوق، مقبره « الثويه » واقع است كه بسياري از ياران و صحابه امام علي (عليه السلام) در آن جا دفن شده اند. امام صادق هم در اين مكان نماز گزارده اند.

منبع: عتبات عاليات عراق؛ دكتر اصغر قائدان