حرم مطهّر: ساختمان کنوني حرم از ساخته هاي دوره آغازينِ صفويّه و اضافات دوره هاي بعدي است. معماري و هنر دوره صفويه، از ايوانهاي زيبا و کاشي کاريهاي معرّق نفيس و آينه کاريهاي بديع در آن به وضوح قابل مشاهده است. حرم مطهّر داراي دو گنبد طلايي است که هر يک بر روي بقعه يکي از دو امام(عليهما السلام) قرار گرفته است. در زير دو گنبد فضاي مربع مستطيل است که ميانه دو ديوار شرقي و غربي را دو ستون عظيم در برگيرنده گنبدها اشغال کرده است؛ يک ضريح نقره اي قبر دو امام را با دو صندوق خاتم نفيس در بردارد؛ با ورود از ايوان جنوبي، به نخستين رواق و سپس به درون حرم و گنبد خانه نخست در برابر قبر مطهّر حضرت موسي بن جعفر(عليه السلام) قرار خواهيم گرفت و در پشت سر ايشان قبر مطهّر حضرت جواد(عليه السلام) قرار دارد. پيرامون حرم چهار شبستان بزرگ قرار گرفته و رواقهاي جنوبي و غربي هر يک به ايواني زيبا و بزرگ راه دارد. مجموعه حرم و رواقها را سه صحن وسيع در بردارد که صحن غربي به نام «صحن قريش» مي باشد. برج و بارو و دروازه هاي هفت گانه صحن با معماري زيباي آن و کاشي کاري نفيس پراکنده در سردرها و کتيبه ها چشم بيننده را مي نوازد.
برج و بارو و دروازه هاي هفت گانه صحن که با توجه به معماري زيباي آن و کاشي کاري نفيس پراکنده در سردرها و کتيبه ها چشم بيننده را مي نوازد، از ساخته هاي مرحوم فرهاد ميرزاي قاجار (عموي ناصر الدين شاه) مي باشد.
برخي بيوت و ضمايم حرم مطهّر:
* مسجد صفوي: اين مسجد از ساخته هاي شاه اسماعيل صفوي است که پس از تسخير عراق آن را به سبک ساختمانهاي عراقي ساخت. مسجد از زيبايي خاصي برخوردار است که حس تحسين بيننده را در برابر
عظمت ستونهاي ضخيم و طاقهاي قوسي آن برمي انگيزد و داراي گنبد کاشي کاري بسيار کوتاهي است که به زحمت مي توان آن را از درون صحن ديد. در جنب محراب و منبر کهن مسجد، پنجره اي به درون رواق شمالي حرم مطهّر باز شده است که از ميان آن، ضريح مطهّر قابل مشاهده است.
* آرامگاه خواجه نصير الدين طوسي: وي از بزرگان جهان علم ودانش و از مشاهير دانشمندان است که دوست و دشمن بر جلالت قدر و عظمت مقام او اتفاق نظر دارند. او در سال 672هـ . درگذشت و در گور يکي از خلفاي بني العباس که در جوار حرم مطهّر کنده و آماده شده بود مدفون گرديد. بر روي قبر او ضريحي فولادي و کهن قرار دارد.
* آرامگاه شيخ مفيد، که در مشرق رواق جنوبي قرار دارد. وي از بزرگان شيعه و فقها و متکلمان چيره دست و توانا بود که در سال 413هـ . در گذشت. بر روي قبر او ضريحي فولادي و کهن قرار دارد و بر بالاي قبرش، بر روي مرمر، قطعه شعري است که امام زمان(عليه السلام) در رثاي فوت او سروده است:
لا صوّت الناعي بفقدک إنّه *** يومٌ علي آلِ الرسول عظيمُ
* آرامگاه ابوالقاسم جعفر بن محمّد بن قولويه؛ از بزرگان و فقها و محدثين اماميّه است. وي در سال 368هـ . . در گذشت و آرامگاهش در مشرق رواق جنوبي به همراه قبر شيخ مفيد است.
* آرامگاه جمع کثيري از وزرا، فقها و اعيان، که برخي از مشاهير آنان عبارتند از:
موسي بن ابراهيم بن موسي بن جعفر(عليه السلام) (وي يمن را در دوران مأمون تسخير نمود و مردم را به امامت حضرت رضا(عليه السلام) دعوت کرد.) معزّالدوله آل بويه، جلال الدوله آل بويه، وزير مهلبي، عميد الجيوش، فخرالدوله ديلمي، مشرف الدوله ديلمي، ابن حمدون، ضياء الدين ابن الأثير، ابن الناقد، ابن العلقمي، فرهاد ميرزا، آية الله سيد حسن صدر و گروهي ديگر از اين خانواده، سيد هبة الدين شهرستاني و...
* آرامگاه سيد مرتضي و سيد رضي، اين دو برادر از اعيان و مشاهير و بزرگان اماميه در قرن پنجم هجري بشمار مي آيند. قبر اين دو تن در دو ساختمان جداگانه بيرون صحن مطهر و در نزديکي يکديگر در جنوب شرقي ديوار صحن قرار دارد.
* قبر ابويوسف قاضي، وي در سال 166 هـ . به منصب قضاوت در بغداد پايتخت خلافت بني العباس برگزيده شد و نخستين کس در اسلام است که به عنوان «قاضي القضات» شهرت يافت. قبر او در جنوب شرقي صحن مطهر، درون يکي از حجره ها مي باشد.

منبع: اماکن زيارتي و سياحتي عراق؛ محمّد رضا قمي