سيد مصطفي، در سال 1309هـ.ش. در شهر مقدس قم ديده به جهان گشود. پس از گذراندن دوران ابتدايي، در مدارس دولتي، در سال 324 وارد حوزه علميه شد و پس از شش سال با موفقيت دروس سطح حوزه را سپري کرد. وي در اين سال ها از محضر استادان: شيخ مرتضي حائري، شهيد محمّد صدوقي، شيخ عبدالجواد اصفهاني جبل عاملي و... بهره برد. سيد مصطفي پس از اتمام سطح، در درس خارج حضرات آيات: پدر بزرگوارش، آيت الله سيد محمد حجت و... شرکت نمود. هنگامي که امام به ترکيه و عراق تبعيد شد، وي هم ملازم و همراه امام بود.
سيد مصطفي از نظر علمي در سطح بالايي قرار داشت و در مدت عمر کوتاهش توانست هفده جلد کتاب تأليف کند که يکي از آنها «تفسير القرآن الکريم» است که ناتمام ماند.
وي خصوصيات ارزنده زيادي داشت که مهمترين آن عشق به امام حسين(عليه السلام) بود. محمد حسن رحيميان در اين باره مي گويد: «يکي از خصوصيات حاج آقا مصطفي اين بود که ايشان مقيد به پياده روي از نجف به کربلا در تمام زيارتهاي مخصوصه امام حسين بود. در سال معمولاً «15 شعبان، عرفه، اربعين و نيمه رجب» که مردم نجف پياده به کربلا مي رفتند، ايشان هر سال در چند مناسبت پياده به کربلا مي رفت. گاهي مي شد که کف پاي او تاول هايي مي زد که خونابه از آن راه مي افتاد و کاملاً مجروح مي شد ولي باز هم به راه رفتن ادامه مي داد.»
مقام معظم رهبري ضمن ستايش از سيد مصطفي درباره ايشان مي فرمايد: «مرحوم سيد مصطفي خميني، يکي از شخصيتهاي بالقوه و بالفعل اسلام بود. روزي که ايشان شهيد شدند. در حدود سنين 47 يا 48 سالگي بودند و در آن سن جزو ممتازين کساني بود که در حوزه علميه قم، نجف و مشهد... وجود داشت. بنده ايشان را به عنوان يک چهره برجسته حوزه علميه قم از سال هاي قبل مي شناختم.»
رژيم شاه که مي خواست ضربه روحي به امام وارد سازد و هم يکي از ارکان انقلاب را از ميان ببرد، در 1 / 8 / 56 او را توسط زهر به شهادت رساند. مردم مسلمان نجف پيکر پاکش را با آب فرات غسل داده، در محل خيمه گاه امام حسين(عليه السلام) کفن کرده و پس از انتقال به نجف، در حرم مطهر امام علي(عليه السلام) در مقبره زير گلدسته جنوبي در ايوان طلا به خاک سپردند.

منبع: ره توشه عتبات عاليات؛ جمعي از نويسندگان